Novel genetic markers in the 5′‐flanking region of <i>ANKH</i> are associated with ankylosing spondylitis
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: To use a candidate gene approach for the identification of genetic markers that are significantly linked to and associated with ankylosing spondylitis (AS). METHODS: We searched for novel polymorphisms in the ANKH gene (human homolog of the murine progressive ankylosis gene) and genotyped 2 polymorphic sites, one in the 5'-noncoding region and the other in the promoter region of ANKH, using DNA from affected (n = 273) and unaffected (n = 112) individuals from 124 AS families. We used these ANKH and other nearby polymorphisms to perform linkage and family-based association analyses. RESULTS: We identified 2 novel polymorphic sites: one in the 5'-noncoding region of ANKH involving 1-2 copies of an 8-bp repeat (denoted as ANKH-OR), and the other in the promoter region involving different copy numbers of a triplet repeat (denoted as ANKH-TR). ANKH-OR and ANKH-TR were in complete linkage disequilibrium. Five markers (D5S1953, ANKH-TR, ANKH-OR, D5S1954, and D5S1963) were used for both the linkage and association analyses. Multipoint linkage analysis of 124 AS families showed a modest level of significance (nonparametric linkage score 2.15; P = 0.015) at the ANKH region. The contribution of ANKH to AS susceptibility (lambda(s)) was 1.9. A family-based association study on the same AS families revealed that both ANKH-OR allele 1 and ANKH-TR allele 7 were significantly associated with disease, assuming an additive model (for ANKH-OR allele 1, P = 0.03; for ANKH-TR allele 7, P = 0.04). CONCLUSION: Our results indicate that ANKH-OR and ANKH-TR are novel genetic markers that are significantly associated with AS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».