Equivalency of Binding Sites in Protein−Ligand Complexes Revealed by Time-Resolved Tandem Mass Spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
Gas phase, time-resolved, thermal dissociation measurements are reported for three protein−ligand complexes, the homodimer α(1 → 3)galactosyltransferase (GTB) with its native disaccharide acceptor, α- l -Fuc p -(1 → 2)-β- d -Gal p, the homotetramer streptavidin and its specific ligand biotin, and the homodimer of wheat germ agglutinin (WGA) and the disaccharide β- d -GlcNAc p -(1 → 6)- d -Gal p . It is shown that protein−ligand interactions that are structurally and thermodynamically equivalent in solution exhibit identical kinetic and energetic stabilities in the gas phase. In contrast, nonequivalent interactions in solution give rise to kinetically nonequivalent interactions in the gas phase. The equivalency of the rate constants measured for the loss of ligand from multiple, equivalent binding sites within a given protein complex is compelling evidence that the binding sites are structurally equivalent in the gas phase. This is the first quantitative experimental evidence for the preservation of elements of structural equivalency within protein complexes upon transfer from solution to the gas phase. This important finding serves as the basis for a new assay, which employs time-resolved tandem mass spectrometry, for evaluating the equivalency of ligand binding sites within proteins and multiprotein complexes in solution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».