MB-21 * INTEGRATED GENOMICS ELUCIDATES RELATIVE SPATIAL HOMOGENEITY OF EMBRYONAL BRAIN TUMORS
Notice bibliographique
Résumé
INTRODUCTION: Comprehensive, genome-wide profiling and next-generation based sequencing studies have dramatically improved our understanding of pediatric brain tumor biology in the recent years. However, the vast majority of theses studies are based on the assumption that single biopsies are representative for the entire primary tumor. Intratumor heterogeneity constitutes a common phenomenon previously described in renal cell carcinoma (RCC), breast cancer, and high-grade glioma (HGG). Highly disparate molecular profiles of spatially separated tumor areas within the same tumor may preclude development of personalized, molecularly targeted therapies based on single tumor biopsies. MATERIAL AND METHODS: To address this issue, we conducted multiregion whole exome sequencing, high-resolution DNA copy number analysis (Cytoscan HD), and transcriptional profiling on 39 distinct pediatric and adult tumors with a median of six spatially distant biopsies per tumor (range 4-11). Histological entities included AT/RT (n = 2), HGG (n = 17), medulloblastoma (n = 9), medulloepithelioma (n = 1), and RCC (n = 10). We assessed the degree of intratumor heterogeneity and subgroup affiliation using integrated genomics and unsupervised hierarchical clustering algorithms. RESULTS: Embryonal brain tumors demonstrated highly spatially homogenous transcriptomes. In contrast to adult glioblastoma, we showed that subgroup affiliation was stable in multiregion biopsies from the same medulloblastoma patient. Furthermore, embryonal brain tumors displayed highly similar focal and broad DNA copy number alterations compared to HGG and RCC. Multiregion sequencing further reinforced the relatively higher degree of intratumor homogeneity in embryonal brain tumors. Compared to HGG or RCC, somatic mutations in embryonal tumors were much more likely to be ubiquitous throughout the tumor. CONCLUSIONS: The relative spatial homogeneity of embryonal brain tumors suggests that limited biopsies are representative of the tumor genomics landscape, which has important implications for biological classification and development of targeted therapies for these tumors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».