Evolutionary dynamics of a satellite DNA in the tiger beetle species pair <i>Cicindela campestris</i> and <i>C. maroccana</i>
Notice bibliographique
Résumé
Satellite repeat elements are an abundant component of eukaryotic genomes, but not enough is known about their evolutionary dynamics and their involvement in karyotype and species differentiation. We report the nucleotide sequence, chromosomal localization, and evolutionary dynamics of a repetitive DNA element of the tiger beetle species pair Cicindela maroccana and Cicindela campestris. The element was detected after restriction digest of C. maroccana total genomic DNA with EcoRI as a single band and its multimers on agarose gels. Cloning and sequencing of several isolates revealed a consensus sequence of 383 bp with no internal repeat structure and no detectable similarity to any entry in GenBank. Hybridization of the satellite unit to C. maroccana mitotic and meiotic chromosomes revealed the presence of this repetitive DNA in the centromeres of all chromosomes except the Y chromosome, which exhibited only a very weak signal in its short arm. PCR-based tests for this satellite in related species revealed its presence in the sister species C. campestris, but not in other closely related species. Phylogenetic analysis of PCR products revealed well-supported clades that generally separate copies from each species. Because both species exhibit the multiple X chromosome karyotypic system common to Cicindela, but differ in their X chromosome numbers (four in C. maroccana vs. three in C. campestris), structural differences could also be investigated with regard to the position of satellites in a newly arisen X chromosome. We find the satellite in a centromeric position in all X chromosomes of C. maroccana, suggesting that the origin of the additional X chromosome involves multiple karyotypic rearrangements.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».