Evaluation of bacterial diversity in the gut of piglets supplemented with probiotics using ribosomal intergenic spacer analysis
Notice bibliographique
Résumé
In this study, ribosomal intergenic spacer analysis (RISA) was used to monitor changes of intestinal microbiota of piglets treated at birth with or without Pediococcus acidilactici (PA) and/or Saccharomyces cerevisiae ssp. boulardii (SCB) and weaned piglets fed with control diet supplemented with PA and/or SCB or antibiotic. During lactation, probiotics were given orally to piglets three times a week. At weaning (day 21), probiotics and the antibiotic, tiamulin, were added to the diet. Fifteen piglets per treatment were slaughtered at day 18 and day 24. The tracking of each probiotic from colonic samples was done using PCR primers specific for PA targeting the 16S rRNA gene or a specific culture medium for enumeration of SCB. The results showed the presence of probiotics in colonic samples of piglets supplemented with probiotics. Dendograms (UPGMA and Ward’s method), and non-metric multidimensional scaling analysis showed that the variability of RISA profiles in colonic microflora between individual piglets within a treatment was too high to obtain a grouping based on probiotic supplementation. Based on the relative frequency of internal transcribed spacers from RISA profiles (indicator species analysis) and diversity indices (Shannon, richness and evenness), both PA and the antibiotic treatments reduced the bacterial diversity in the gut of piglets after weaning compared with preweaning, while diversity was slightly increased postweaning compared with preweaning in control without antibiotic and SCB groups. In conclusion, all dietary additives differently affected postweaning microbial community composition; however, both antibiotic and PA reduced postweaning microbial diversity suggesting a possible benefit of PA supplementation during the postweaning transition period. Key words: Intestinal flora, piglet, PCR, probiotic, RISA profile, weaning
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».