Cross-reactive cytotoxic T lymphocytes against a HIV-1 p24 epitope in slow progressors with B*57
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: To determine whether CD8 T lymphocytes from HIV-1-infected patients expressing B*5701 and B*5703 show broad cross-reactivity against different variants of a conserved p24 epitope, which might account for the good prognosis of HIV-1-infected individuals with HLA-B*57. DESIGN: B*5701+ and B*5703+ were recruited from Nairobi, Kenya and from Oxford, UK. All patients had been HIV positive for at least 8 years and could be categorized as slow progressors. METHODS: CD8 cytotoxic T cell clones were generated from B*5701+ and B*5703+ donors and tested for their ability to recognize clade variants of an index p24 epitope in standard cytolytic assays. Cross-reactive responses in freshly isolated peripheral blood mononuclear cells (PBMC) were assessed by interferon-gamma (IFNgamma) production and tetramer binding. RESULTS: Broad cross-clade reactivity for both cytolysis and tetramer binding was observed in CD8 T cell clones from patients harbouring the index epitope sequence. Patterns of cross-reactivity were similar in freshly isolated PBMC but varied between individuals in terms of strength and breath of responses generated. One common variant induced an unusual response with tetramer binding but often failed to induce IFNgamma production, and another was a weak stimulator of both IFNgamma and cytolytic activity. CONCLUSION: B*5701+ and B5703+ donors demonstrate broad functional cross-reactivity to both common and rare variants of a dominant p24 epitope, which could be relevant to the association of B*57 alleles with slow progression to AIDS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».