A High Resolution Case Study of a Patient with Recurrent Plasmodium vivax Infections Shows That Relapses Were Caused by Meiotic Siblings
Notice bibliographique
Résumé
Plasmodium vivax infects a hundred million people annually and endangers 40% of the world's population. Unlike Plasmodium falciparum, P. vivax parasites can persist as a dormant stage in the liver, known as the hypnozoite, and these dormant forms can cause malaria relapses months or years after the initial mosquito bite. Here we analyze whole genome sequencing data from parasites in the blood of a patient who experienced consecutive P. vivax relapses over 33 months in a non-endemic country. By analyzing patterns of identity, read coverage, and the presence or absence of minor alleles in the initial polyclonal and subsequent monoclonal infections, we show that the parasites in the three infections are likely meiotic siblings. We infer that these siblings are descended from a single tetrad-like form that developed in the infecting mosquito midgut shortly after fertilization. In this natural cross we find the recombination rate for P. vivax to be 10 kb per centimorgan and we further observe areas of disequilibrium surrounding major drug resistance genes. Our data provide new strategies for studying multiclonal infections, which are common in all types of infectious diseases, and for distinguishing P. vivax relapses from reinfections in malaria endemic regions. This work provides a theoretical foundation for studies that aim to determine if new or existing drugs can provide a radical cure of P. vivax malaria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».