Multivariate Asthma Phenotypes in Adults: The Quebec City Case-Control Asthma Cohort
Notice bibliographique
Résumé
Background and Objectives: Asthma is a heterogeneous disease where patient severity can be classified according to various models based on numerous variables. Large collections of well-phenotyped subjects are needed to find distinct clusters of patients for personalized medicine and future genetic studies. The objective of this study is to describe the collection of the Quebec City Case-Control Asthma Cohort and to identify homogeneous subgroups of asthma patients based on clinical characteristics. Methods: This cohort is part of an ongoing project initiated in 2007 to elucidate the genetic basis of asthma. All subjects are randomly recruited at the same site following advertisements. Subjects are unrelated French Canadian white adults 18 years of age or older. Each participant underwent a spirometry, methacholine challenge, and allergy skin-prick tests. Blood was collected for DNA, cell counts and total serum IgE measurements. So far, 982 subjects have been recruited and classified as cases (n = 566) or controls (n = 416). We performed factor and cluster analyses on collected phenotypes from this set to identify subgroups of phenotypically similar asthmatic patients. Results: Factor analysis with 13 variables led to the selection of five factors: lung function, numbers of allergens, blood eosinophil percentage, smoking status and age. K-means cluster analysis on the reduced dataset produced four significantly different groups with the following characteristics: smoking history, low atopy and low lung function, high atopy, and young non-smoking with average atopy. Conclusions: The Quebec City Case-Control Asthma Cohort is a new resource for local and collaborative clinical and genetic research on asthma. This new collection reveals distinct multivariate phenotypes of adult asthma that are likely to be important for future genetic studies and targeted therapies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».