High-dimensional immunomonitoring models of HIV-1–specific CD8 T-cell responses accurately identify subjects achieving spontaneous viral control
Notice bibliographique
Résumé
UNLABELLED: The development of immunomonitoring models to determine HIV-1 vaccine efficacy is a major challenge. Studies suggest that HIV-1–specific CD8 T cells play a critical role in subjects achieving spontaneous viral control (HIV-1 controllers) and that they will be important in immune interventions. However, no single CD8 T-cell function is uniquely associated with controller status and the heterogeneity of responses targeting different epitopes further complicates the discovery of determinants of protective immunity. In the present study, we describe immunomonitoring models integrating multiple functions of epitope-specific CD8 T cells that distinguish controllers from subjects with treated or untreated progressive infection. Models integrating higher numbers of variables and trained with the least absolute shrinkage and selection operator (LASSO) variant of logistic regression and 10-fold cross-validation produce “diagnostic tests” that display an excellent capacity to delineate subject categories. The test accuracy reaches 75% area under the receiving operating characteristic curve in cohorts matched for prevalence of protective alleles. Linear mixed-effects model analyses show that the proliferative capacity, cytokine production, and kinetics of cytokine secretion are associated with HIV-1 control. Although proliferative capacity is the strongest single discriminant, integrated modeling of different dimensions of data leverages individual associations. This strategy may have important applications in predictive model development and immune monitoring of HIV-1 vaccine trials. KEY POINTS: Immune monitoring models integrating multiple functions of HIV-1-specific CD8 T cells distinguish controllers from subjects with progressive HIV-1 infection. This strategy may have important applications in predictive model development and immune monitoring of HIV-1 vaccine trials.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».