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Enregistrement W2006939802 · doi:10.1093/hmg/dds083

Penetrance of biallelic SMARCAL1 mutations is associated with environmental and genetic disturbances of gene expression

2012· article· en· W2006939802 sur OpenAlex
Alireza Baradaran‐Heravi, Kyoung Sang Cho, Bas Tolhuis, Mrinmoy Sanyal, Olena Morozova, Marie Morimoto, Leah I. Elizondo, Darren Bridgewater, Joanna M. Lubieniecka, Kimberly Beirnes, Clara Myung, Danny Leung, Hok Khim Fam, Kunho Choi, Yan Huang, Kira Dionis, Jonathan Zonana, Kory Keller, Peter Stenzel, Christy Mayfield, Thomas Lücke, Arend Bökenkamp, Marco A. Marra, Maarten van Lohuizen, David B. Lewis, Chad A. Shaw, Cornelius F. Boerkoel

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueHuman Molecular Genetics · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmunodeficiency and Autoimmune Disorders
Établissements canadiensMcMaster UniversityCanada's Michael Smith Genome Sciences CentreChild and Family Research InstituteUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesBC Children's HospitalMichael Smith Health Research BCGillson Longenbaugh FoundationDana FoundationMarch of Dimes Foundation
Mots-clésBiologyGeneticsPenetranceGeneChromatinGene expressionGene knockdownRegulation of gene expressionTranscription factorCell biologyPhenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Biallelic mutations of the DNA annealing helicase SMARCAL1 (SWI/SNF-related, matrix-associated, actin-dependent regulator of chromatin, subfamily a-like 1) cause Schimke immuno-osseous dysplasia (SIOD, MIM 242900), an incompletely penetrant autosomal recessive disorder. Using human, Drosophila and mouse models, we show that the proteins encoded by SMARCAL1 orthologs localize to transcriptionally active chromatin and modulate gene expression. We also show that, as found in SIOD patients, deficiency of the SMARCAL1 orthologs alone is insufficient to cause disease in fruit flies and mice, although such deficiency causes modest diffuse alterations in gene expression. Rather, disease manifests when SMARCAL1 deficiency interacts with genetic and environmental factors that further alter gene expression. We conclude that the SMARCAL1 annealing helicase buffers fluctuations in gene expression and that alterations in gene expression contribute to the penetrance of SIOD.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,372
Score d'incertitude au seuil0,489

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,209
Écart entre enseignants0,201 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle