Peptaibiomics: Screening for Polypeptide Antibiotics (Peptaibiotics) from Plant-ProtectiveTrichoderma Species
Notice bibliographique
Résumé
Eight strains of Trichoderma species (T. strigosum, T. erinaceus, T. pubescens, T. stromaticum, and T. spirale as well as T. cf. strigosum, T. cf. pubescens) were selected because of their antagonistic potential against Eutypa dieback and Esca which are fungal diseases of grapevine trunks. These isolates were screened for the production of a group of polypeptide antibiotics named peptaibiotics, including its subgroups peptaibols and lipopeptaibols. Fully-grown fungal cultures on potato-dextrose agar were extracted with CH(2)Cl(2)/MeOH, and these extracts were subjected to SPE using C(18) cartridges. The methanolic eluates were analyzed by on-line LC/ESI-MS(n) coupling--a method which is referred to as 'peptaibiomics'. New seven-, ten-, and eleven-residue lipopeptaibols, with N-terminal alkanoyl, and C-terminal leucinol or isoleucinol residues were found and named lipostrigocins and lipopubescins. Furthermore, new 18-residue peptaibols named trichostromaticins and 19-residue peptaibols named trichostrigocins were discovered. One peptaibiotic carrying a free C-terminal valine (or isovaline) named trichocompactin XII was also sequenced. These results corroborate the hypothesis that peptaibiotics might contribute to the plant-protective action of their fungal producers. The data also point out that comparison of peptaibiotic sequences is of limited relevance in order to establish chemotaxonomic relationships among species of the genus Trichoderma.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».