A test of various computational solvation models on a set of “difficult” organic compounds
Notice bibliographique
Résumé
Various dielectric continuum models in Gaussian 03, based on the SCRF approach, PCM, CPCM, DPCM, IEFPCM, IPCM, and SCIPCM, have been tested on a set of 54 highly polar, generally polyfunctional compounds for which experimental solvation energies are available. These compounds span a range of 13 kcal/mol in ΔG t . The root-mean-square (RMS) errors for the full set of compounds range from 2.48 for DPCM to 1.77 for IPCM. For each method, classes of compounds which were not handled well could be identified. If these classes of compounds were omitted, the performance improved, and ranged from 1.58 (PCM, 39 compounds) to 1.02 (IPCM, 42 compounds). Models in the PCM family (PCM, CPCM, DPCM, and IEFPCM) with the recommended UAHF or UAKS sets of radii rely on a highly parameterized definition of the solvent cavity. Where this parameterization was inadequate, the calculated solvation energies were less reliable. This has been demonstrated by devising a new parameterization for PCM and halogen compounds, which markedly improves performance for polyhalogen compounds. The effective radius for the portion of the cavity centered on a halogen atom was assumed to be linear in the electron-withdrawing or -donating properties of the rest of the molecule as measured by Hammett σ (for halogens on aromatic rings) or Taft σ* (for halogens on aliphatic carbons). This new parameterization for PCM was tested on a set of 45 aliphatic and 22 aromatic polyhalogen compounds and shown to do well. IPCM, which was already the best of the methods in Gaussian, can be considerably improved by a parameterization to allow for cavitation, dispersion, and hydrogen bonding. A large set of compounds was used for the parameterization to have multiple examples for each parameter and as far as possible to have molecules with multiple instances of each structural feature. In the end, 15 parameters were found to be defined by the data for 241 compounds. With this parameter set, the RMS error for the set used for fitting was 0.81 kcal/mol, and the RMS error for the original set of 54 compounds was 0.85. With this new parameterization, IPCM is clearly the best of the methods available in Gaussian 03.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».