Computational Studies of Cu(II)/Met and Cu(I)/Met Binding Motifs Relevant for the Chemistry of Alzheimer's Disease
Notice bibliographique
Résumé
A systematic study of the binding motifs of Cu(II) and Cu(I) to a methionine model peptide, namely, N-formylmethioninamide 1, has been carried out by quantum chemical computations. Geometries of the coordination modes obtained at the B3LYP/6-31G(d) level of theory are discussed in the context of copper coordination by the peptide backbone and the S atom of a methionine residue in peptides with special emphasis on Met35 of the amyloid-beta peptide (Abeta) of Alzheimer's disease. The relative binding free energies in the gas phase, DeltaG(g), are calculated at the B3LYP/6-311+G(2df,2p)//B3LYP/6-31G(d) level of theory, and the solvation affects are included by means of the COSMO model to obtain the relative binding energies in solution, DeltaG(aq). A free energy of binding, DeltaG(aq) = -19.4 kJ mol(-1), relative to aqueous Cu(II) and the free peptide is found for the most stable Cu(II)/Met complex, 12. The most stable Cu(I)/Met complex, 23, is bound by -15.6 kJ mol(-1) relative to the separated species. The reduction potential relative to the standard hydrogen electrode is estimated to be E degrees (12/23) = 0.41 V. On the basis of these results, the participation of Met35 as a low affinity binding site of Cu(II) in Abeta, and its role in the redox chemistry underlying Alzheimer's disease is discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».