Volumetric Characterization of Sodium-Induced G-Quadruplex Formation
Notice bibliographique
Résumé
Oligodeoxyribonucleotides (ODN) with repeats of the human telomeric sequence can adopt different tetrahelical conformations that exhibit similar energetic parameters. We studied the volumetric properties of the folded and unfolded states of an ODN with four repeats of the human telomeric sequence, d[A(GGGTTA)(3)GGG], by combining pressure-perturbation calorimetry (PPC), vibrating tube densimetry, ultrasonic velocimetry, and UV melting under high pressure. We carried out our volumetric measurements in aqueous buffers at pH 7 containing 20, 50, and 100 mM NaCl. All of the methods employed yielded volumetric parameters that were in excellent agreement. The molar volume changes, ΔV, of the conformational transition leading to formation of the folded state are large and positive. At 50 mM NaCl, the average transition volume, ΔV(tr), obtained from all the methods is 56.4 ± 3.5 cm(3) mol(-1) at the transition temperature of 47 °C, with ΔV(tr) decreasing with an increase in temperature. We carried out a molecular dynamics simulation of the change in the intrinsic geometric parameters of the ODN accompanying quadruplex formation. On the basis of the experimental and computational results, the folding transition of the ODN is accompanied by a release of 103 ± 44 water molecules from its hydration shell to the bulk. This number corresponds to ~18% of the net hydration of the coil conformation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».