Identification of differentially expressed proteins in human glioblastoma cell lines and tumors
Notice bibliographique
Résumé
An in-frame deletion of 801 bp in exons 2-7 (type III mutation) of the epidermal growth factor receptor (EGFR) is detected at high incidence in primary glioblastoma tumors. A proteomic approach was used to generate differential protein expression maps of fetal human astrocytes (FHA), human glioblastoma cell lines U87MG and U87MG expressing type III EGFR deletion (U87MGdeltaEGFR) that confers high malignancy to tumor cells. Two-dimensional gel electrophoresis followed by in-gel digestion of separated spots and protein identification by LC-MS-MS and matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) identified 23 proteins expressed at higher levels or exclusively in FHA and 29 proteins expressed at higher levels or exclusively in U87MG cells. Three proteins, ubiquitin, cystatin B, and tissue transglutaminase (TTG), were upregulated in U87MGdeltaEGFR relative to U87MG. Four proteins highly expressed by U87MG cells, Hsp27, major vault protein, TTG, and cystatin B, were analyzed by Western blot, ELISA, or RT-PCR in cell extracts and in tissue samples of glioblastoma multiforme (GBM; grade IV), low-grade astrocytomas (grades I and II), and nonmalignant brain lesions. All four proteins were highly expressed in GBM tissues compared to nonmalignant brain. These proteins may be used as diagnostic or functional (e.g., multiple drug resistance, invasiveness) markers for glioblastoma tumors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».