NU-IN: Nucleotide evolution and input module for the EvolSimulator genome simulation platform
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: There is increasing demand to test hypotheses that contrast the evolution of genes and gene families among genomes, using simulations that work across these levels of organization. The EvolSimulator program was developed recently to provide a highly flexible platform for forward simulations of amino acid evolution in multiple related lineages of haploid genomes, permitting copy number variation and lateral gene transfer. Synonymous nucleotide evolution is not currently supported, however, and would be highly advantageous for comparisons to full genome, transcriptome, and single nucleotide polymorphism (SNP) datasets. In addition, EvolSimulator creates new genomes for each simulation, and does not allow the input of user-specified sequences and gene family information, limiting the incorporation of further biological realism and/or user manipulations of the data. FINDINGS: We present modified C++ source code for the EvolSimulator platform, which we provide as the extension module NU-IN. With NU-IN, synonymous and non-synonymous nucleotide evolution is fully implemented, and the user has the ability to use real or previously-simulated sequence data to initiate a simulation of one or more lineages. Gene family membership can be optionally specified, as well as gene retention probabilities that model biased gene retention. We provide PERL scripts to assist the user in deriving this information from previous simulations. We demonstrate the features of NU-IN by simulating genome duplication (polyploidy) in the presence of ongoing copy number variation in an evolving lineage. This example is initiated with real genomic data, and produces output that we analyse directly with existing bioinformatic pipelines. CONCLUSIONS: The NU-IN extension module is a publicly available open source software (GNU GPLv3 license) extension to EvolSimulator. With the NU-IN module, users are now able to simulate both drift and selection at the nucleotide, amino acid, copy number, and gene family levels across sets of related genomes, for user-specified starting sequences and associated parameters. These features can be used to generate simulated genomic datasets under an extremely broad array of conditions, and with a high degree of biological realism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».