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Enregistrement W2008112661 · doi:10.1074/jbc.m211915200

Delineation of the Hydroxyapatite-nucleating Domains of Bone Sialoprotein

2003· article· en· W2008112661 sur OpenAlexaff
Coralee E. Tye, Kevin R. Rattray, Kevin Warner, Jonathan A. R. Gordon, Jaro Sodek, Graeme K. Hunter, Harvey A. Goldberg

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2003
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueBone and Dental Protein Studies
Établissements canadiensUniversity of TorontoCanadian Institutes of Health ResearchWestern University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBone sialoproteinChemistryCircular dichroismNucleationAmino acidCrystallographyPeptidePentapeptide repeatBiophysicsStereochemistryBiochemistryBiologyOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Bone sialoprotein (BSP) is a highly modified, anionic phosphoprotein that is expressed almost exclusively in mineralizing connective tissues and has been shown to be a potent nucleator of hydroxyapatite (HA). Two polyglutamic acid (poly[E]) regions, predicted to be in an alpha-helical conformation and located in the amino-terminal half of the molecule, are believed to be responsible for this activity. Using a prokaryotic expression system, full-length rat BSP was expressed and tested for HA nucleating activity in a steady-state agarose gel system. The unmodified protein is less potent than native bone BSP, indicating a role for the post-translational modifications in HA nucleation. Site-directed mutagenesis of the poly[E] regions in full-length BSP was performed, replacing the poly[E] with either polyaspartic acid (poly[D]) or polyalanine (poly[A]) to examine role of charge and conformation, respectively, in HA nucleation. Replacement of single domains with either poly[A] or poly[D] did not alter nucleating activity nor did replacement of both domains with poly[D]. Replacement of both domains with poly[A], however, significantly decreased nucleating activity. In addition, two recombinant peptides, each encompassing one of the two poly[E] domains, were expressed and tested for nucleating activity. Whereas the peptide encompassing the second poly[E] domain was capable of nucleating HA, the first domain peptide showed no activity. The conformation of the wild-type and mutated proteins and peptides were studied by circular dichroism and small angle x-ray scattering, and no secondary structure was evident. These results demonstrate that a sequence of at least eight contiguous glutamic acid residues is required for the nucleation of HA by BSP and that this nucleating "site" is not alpha-helical in conformation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,001

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,260
Écart entre enseignants0,237 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations211
Publié2003
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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