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Enregistrement W2008131643 · doi:10.1093/nar/gki1014

The autoregulatory translational control element of poly(A)-binding protein mRNA forms a heteromeric ribonucleoprotein complex

2005· article· en· W2008131643 sur OpenAlexaff
Gopal Patel

Notice bibliographique

RevueNucleic Acids Research · 2005
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA Research and Splicing
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPoly(A)-binding proteinBiologyRibonucleoproteinRNA-binding proteinMessenger RNARNAMolecular biologyImmunoprecipitationTranslation (biology)Messenger RNPRepressorUntranslated regionThree prime untranslated regionCell biologyBiochemistryGene expressionGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Repression of poly(A)-binding protein (PABP) mRNA translation involves the binding of PABP to the adenine-rich autoregulatory sequence (ARS) in the 5'-untranslated region of its own mRNA. In this report, we show that the ARS forms a complex in vitro with PABP, and two additional polypeptides of 63 and 105 kDa. The 63 and 105 kDa polypeptides were identified, as IMP1, an ortholog of chicken zip-code binding polypeptide, and UNR, a PABP binding polypeptide, respectively, by mass spectrometry of the ARS RNA affinity purified samples. Using a modified ribonucleoprotein (RNP) immunoprecipitation procedure we further show that indeed, both IMP1 and UNR bind to the ARS containing reporter RNA in vivo. Although both IMP1 and UNR could bind independently to the ARS RNA in vitro, their RNA-binding ability was stimulated by PABP. Mutational analyses of the ARS show that the presence of four of the six oligo(A) regions of the ARS was sufficient to repress translation and the length of the conserved pyrimidine spacers between the oligo(A) sequences was important for ARS function. The ability of mutant ARS RNAs to form the PABP, IMP1 and UNR containing RNP complex correlates well with the translational repressor activity of the ARS. There is also a direct relationship between the length of the poly(A) RNAs and their ability to form a trimeric complex with PABP, and to repress mRNA translation. UV crosslinking studies suggest that the ARS is less efficient than a poly(A) RNA of similar length, to bind to PABP. We show here that the ARS cannot efficiently form a trimeric complex with PABP; therefore, additional interactions with IMP1 and UNR to form a heteromeric RNP complex may be required for maximal repression of PABP mRNA translation under physiological conditions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,145
Score d'incertitude au seuil0,473

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,322
Écart entre enseignants0,294 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations80
Publié2005
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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