Protein–Protein Binding Affinities in Solution Determined by Electrospray Mass Spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
Electrospray ionization (ESI) allows the transfer of multi-protein complexes into the gas phase, thereby providing a simple approach for monitoring the stoichiometry of these noncovalent assemblies by mass spectrometry (MS). It remains unclear, however, whether the measured ion abundance ratios of free and bound species are suitable for determining solution-phase binding affinities (K(d) values). Many types of mass spectrometers employ rf-only quadrupoles as ion guides. This work demonstrates that the settings used for these devices are a key factor for ensuring uniform transmission behavior, which is a prerequisite for meaningful affinity measurements. Using bovine β-lactoglobulin and hemoglobin as model systems, it is demonstrated that under carefully adjusted conditions the "direct" ESI-MS approach is capable of providing K(d) values that are in good agreement with previously published solution-phase data. Of the several ion sources tested, a regular ESI emitter operated with pressure-driven flow at 1 μL min(-1) provided the most favorable results. Potential problems in these experiments include conformationally-induced differences in ionization efficiencies, inadvertent collision-induced dissociation, and ESI-induced clustering artifacts. A number of simple tests can be conducted to assess whether or not these factors are prevalent under the conditions used. In addition, the fidelity of the method can be scrutinized by performing measurements over a wide concentration range. Overall, this work supports the viability of the direct ESI-MS approach for determining binding affinities of protein-protein complexes in solution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».