Integrated Microfluidic Device for Mass Spectrometry-Based Proteomics and Its Application to Biomarker Discovery Programs
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
The present investigation describes the analytical performances of a microfluidic device comprising an enrichment column, a reversed-phase separation channel, and a nanoelectrospray emitter embedded altogether in polyimide layers. This configuration minimizes transfer lines and connections and reduces postcolumn peak broadening and dead volumes. This compact and versatile modular nanoLC-chip system was interfaced to both ion trap and time-of-flight mass spectrometers, and its analytical potentials were evaluated in the context of proteomics applications. The figures of merit of this system in terms of peak capacity, reproducibility, sensitivity, and linear dynamic range of peptide detection were determined using tryptic digests of complex protein extracts including albumin- and immunoglobulin-depleted rat plasma samples. The analysis of peak profiles for more than 600 peptide ions reproducibly detected across replicate nanoLC-chip-MS runs (n = 10) indicated that this system provided good reproducibility of retention time and peak intensity with RSD values of less than 0.5 and 9.1%, respectively. Variation in peptide abundance as low as 2-fold changes was identified for spiked tryptic digests present at levels of 2-5 fmol in plasma samples. Sensitivity measurements were performed on dilution series of protein digests spiked into rat plasma samples and provided a detection limit of 1-5 fmol. The modular concept of the microfluidic systems also facilitated the integration of two-dimensional chromatography (strong cation exchange/C18) thereby increasing the sample loading and selectivity of the nanoLC-chip-MS system. The application of this integrated device was evaluated for complex rat plasma samples to compare the number of protein identifications obtained using one- and two-dimensional nanoLC-chip-MS/MS.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle