Idiosyncrasy and overdominance in the structure of natural communities of arbuscular mycorrhizal fungi: is there a role for stochastic processes?
Notice bibliographique
Résumé
Summary 1. Most studies of species abundance patterns focus on conspicuous macroorganisms while microbial communities remain relatively understudied. This bias is a concern given the functional importance and high diversity of microbes. 2. We determine whether a common species abundance distribution (SAD) is observed in communities of a widespread group of soil microbes, the Glomeromycota or arbuscular mycorrhizal (AM) fungi. Using molecular techniques, we intensively sampled the AM fungal community of a woodland–grassland ecotone in Yorkshire, UK. Observed species abundances were compared to theoretical models describing SADs. We also reanalysed 32 previously published data sets in a similar manner. 3. Species abundance distributions in all the AM fungal communities fitted both lognormal and broken‐stick models. However, these models consistently and significantly underpredicted the abundance of the most abundant AM fungal taxon. We found that AM fungal communities are typically dominated by a single taxon; representing on average 40% of total abundance within the community. Phylogenetic analysis of the most abundant taxa across data sets showed that the dominant AM fungal type in each community was different and not a widespread generalist. 4. We conclude that a common community structure is present in AM fungal communities from different habitats. The fit to log‐normal and broken‐stick models suggests the influence of niche differentiation structuring these communities. However, the consistently observed overdominance indicates that local adaptation and stochastic processes may also play important roles in structuring these communities, and we propose a mechanism to explain overdominance in AM fungal communities. 5. Synthesis. This paper applies ecological models derived from studies on larger organisms to microbial communities. Results from this study suggest that a common log‐normal SAD is likely to be observed across both microbial and macro taxa. However, due to the distinctive features of microbial biology, some noticeable differences, such as heavy overdominance, may lead to unique structures in microbial communities. This research not only highlights that, to a first approximation, microbial communities follow similar processes and have similar patterns to those of macroorganisms, but also the need for large‐scale microbial data sets, if we are to understand the patterns and processes regulating global biodiversity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».