Purification, cloning and sequencing of an enzyme mediating the reductive dechlorination of 2,4,6-trichlorophenol from Desulfitobacterium frappieri PCP-1
Notice bibliographique
Résumé
A new membrane-associated 2,4,6-trichlorophenol reductive dehalogenase from Desulfitobacterium frappieri PCP-1 was isolated. Initial characterization of the crude preparation showed that the dechlorinating activity was sensitive to oxygen, and its optimum pH was 7.0. Its dechlorinating activity was not inhibited by sulphate, was completely inhibited by 1 mM sulphite, and partially inhibited by 5 mM sodium azide and by more than 5 mM nitrate. Several polychlorophenols were dechlorinated in the ortho position with respect to the hydroxy group. A dehalogenase was purified to apparent homogeneity. SDS gel electrophoresis revealed a single protein band with a molecular mass of 37 kDa. However, after two-dimensional gel electrophoresis, this band was composed of three isoforms. MS analyses showed that the three isoforms were from the same protein and the molecular mass of the most abundant isoform is 33800 Da. A mixture of iodopropane and titanium citrate caused a light-reversible inhibition of the dechlorinating activity, suggesting the involvement of a corrinoid cofactor. The apparent K(m) value for 2,4,6-trichlorophenol and pentachlorophenol were 18.3+/-2.8 microM and 26.8+/-2.9 microM respectively, at a methyl viologen concentration of 2 mM. The N-terminal amino acid sequence and an internal tryptic peptide sequence were determined. One open reading frame (ORF) was found in the Desulfitobacterium hafniense genome containing these peptides sequences. The corresponding ORF in D. frappieri PCP-1 was cloned and sequenced. This ORF, that we designated crdA, showed no homology with any known dehalogenase, suggesting a distinct reductive dehalogenase.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».