High Potential for Using DNA from Ancient Herring Bones to Inform Modern Fisheries Management and Conservation
Notice bibliographique
Résumé
Pacific herring (Clupea pallasi) are an abundant and important component of the coastal ecosystems for the west coast of North America. Current Canadian federal herring management assumes five regional herring populations in British Columbia with a high degree of exchange between units, and few distinct local populations within them. Indigenous traditional knowledge and historic sources, however, suggest that locally adapted, distinct regional herring populations may have been more prevalent in the past. Within the last century, the combined effects of commercial fishing and other anthropogenic factors have resulted in severe declines of herring populations, with contemporary populations potentially reflecting only the remnants of a previously more abundant and genetically diverse metapopulation. Through the analysis of 85 archaeological herring bones, this study attempted to reconstruct the genetic diversity and population structure of ancient herring populations using three different marker systems (mitochondrial DNA (mtDNA), microsatellites and SNPs). A high success rate (91%) of DNA recovery was obtained from the extremely small herring bone samples (often <10 mg). The ancient herring mtDNA revealed high haplotype diversity comparable to modern populations, although population discrimination was not possible due to the limited power of the mtDNA marker. Ancient microsatellite diversity was also similar to modern samples, but the data quality was compromised by large allele drop-out and stuttering. In contrast, SNPs were found to have low error rates with no evidence for deviations from Hardy-Weinberg equilibrium, and simulations indicated high power to detect genetic differentiation if loci under selection are used. This study demonstrates that SNPs may be the most effective and feasible approach to survey genetic population structure in ancient remains, and further efforts should be made to screen for high differentiation markers.This study provides the much needed foundation for wider scale studies on temporal genetic variation in herring, with important implications for herring fisheries management, Aboriginal title rights and herring conservation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».