Gene Expression Profile of the Human Trabecular Meshwork: NEIBank Sequence Tag Analysis
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: To characterize the gene expression pattern in the human trabecular meshwork (TM) and identify candidate genes for glaucoma by expressed sequence tag (EST) analysis as part of the NEIBank project. METHODS: RNA was extracted from dissected human TM and used to construct unamplified, un-normalized cDNA libraries in the pSPORT1 vector. More than 4000 clones were sequenced from the 5' end. Clones were clustered and identified using GRIST software. In addition, the expression patterns of genes encoding olfactomedin-domain proteins were analyzed by RT-PCR. RESULTS: After non-mRNA contaminants were removed, 3459 independent TM-expressed clones were obtained. These were grouped in 1888 clusters, potentially representing individual expressed genes. Transcripts for the myocilin gene, a locus for inherited glaucoma, formed the third most abundant cluster in the TM collection, and several other genes implicated in glaucoma (PITX2, CYP1B1, and optineurin) were also represented. One abundant TM transcript was from the gene for the angiopoietin-like factor CTD6, which is located at on the long arm of chromosome 1, area 36.2-36.1 in the region of the glaucoma locus GLC3B, whereas other transcripts were from genes close to known glaucoma loci. The TM collection contains cDNAs for genes that are preferentially expressed in the lymphatic endothelium (matrix Gla protein, apolipoprotein D precursor, and selenoprotein P precursor). In addition to EST profiling, RT- PCR was used to detect transcripts of the olfactomedin-domain proteins latrotoxin receptor Lec3 and optimedin in the TM. CONCLUSIONS: The TM libraries are a good source of molecular markers for TM and candidate genes for glaucoma. The abundance of myocilin cDNAs corresponds to the critical role of this gene in glaucoma and contrasts with libraries derived from cultured tissue. The expression profile raises the possibility that cells of the TM and Schlemm's canal may be more similar to lymphatic, rather than blood vascular endothelium.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».