P16-41. Evidence for in vivo immune selection pressure exerted by HLA class I restricted CTL responses to anti-sense encoded HIV sequences
Notice bibliographique
Résumé
Past studies have suggested that certain portions of the integrated HIV-1 proviral genome can be transcribed in the anti-sense direction, resulting in novel viral protein products that may provide alternative targets for the host anti-viral immune response. Little is known whether immune responses exist against antisense HIV peptides, whether they can recognize HIV infected cells and whether CTL-driven escape mutations within antisense peptides may be detectable on a population level. Anti-sense sequences with potential start codons (Methionine) that preceded well-conserved genome sequences of at least 50 nucleotide triplets without stop codon were identified in 261 aligned HIV whole-genome sequences. Plasma HIV gag, pol and nef sequences from >500 treatment-naive, chronic infected patients were analyzed for HLA class I allele-specific viral polymorphisms in all three possible reading frames in the anti-sense direction. A maximal false-discovery rate of 20% (q value < 0.2) was applied to correct for multiple tests. Polymorphisms in the anti-sense direction that affected the original coding sequence were excluded from study. Five potential anti-sense encoded proteins, including the previously described HIV anti-sense protein (ASP) were identified. Each putative protein sequence was synthesized as overlapping peptide set and was targeted by at least 2 individuals (range 2–22) of 40 HIV infected subjects tested. HLA-footprint analyses revealed 67 HLA-associated imprints (37 gag, 6 nef, 34 pol). For each imprint, the predicted epitopes were tested in individuals expressing the appropriate HLA allele. Several frequently-targeted antisense epitopes were identified. CTL responses targeting anti-sense derived epitopes in HIV may be relatively common and may have an impact on viral evolution at the population level. Thus, T cell specificities to anti-sense encoded epitopes may be a biologically relevant mechanism contributing to immune control of HIV and may represent interesting vaccine immunogen candidates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».