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Enregistrement W2008790942 · doi:10.1021/ja201802f

The 3D Structure of Thuricin CD, a Two-Component Bacteriocin with Cysteine Sulfur to α-Carbon Cross-links

2011· article· en· W2008790942 sur OpenAlexaff
Clarissa S. Sit, Ryan T. McKay, Colin Hill, R. Paul Ross, John C. Vederas

Notice bibliographique

RevueJournal of the American Chemical Society · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueProbiotics and Fermented Foods
Établissements canadiensNational Institute for NanotechnologyUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésChemistryThioetherStereochemistrySulfurPeptideCysteineOrganic chemistryBiochemistryEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Thuricin CD is an antimicrobial factor that consists of two peptides, Trn-α and Trn-β, that exhibit synergistic activity against drug resistant strains of Clostridium difficile. Trn-α and Trn-β each possess three sulfur to α-carbon thioether bridges for which the stereochemistry is unknown. This report presents the three-dimensional solution structures of Trn-α and Trn-β. Structure calculations were performed for the eight possible stereoisomers of each peptide based on the same NMR data. The structure of the stereoisomer that best fit the experimental data was chosen as the representative structure for each peptide. It was determined that Trn-α has L-stereochemistry at Ser21 (α-R), L-stereochemistry at Thr25 (α-R), and D-stereochemistry at Thr28 (α-S) (an LLD isomer). Trn-β was also found to be the LLD isomer, with L-stereochemistry at Thr21 (α-R), L-stereochemistry at Ala25 (α-R), and D-stereochemistry at Tyr28 (α-S).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,017

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,220
Écart entre enseignants0,210 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations64
Publié2011
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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