Fast Statistical Tests for Detecting Heterotachy in Protein Evolution
Notice bibliographique
Résumé
The w statistic introduced by Lockhart et al. (1998. A covariotide model explains apparent phylogenetic structure of oxygenic photosynthetic lineages. Mol Biol Evol. 15:1183-1188) is a simple and easily calculated statistic intended to detect heterotachy by comparing amino acid substitution patterns between two monophyletic groups of protein sequences. It is defined as the difference between the fraction of varied sites in both groups and the fraction of varied sites in each group. The w test has been used to distinguish a covarion process from equal rates and rates variation across sites processes. Using simulation we show that the w test is effective for small data sets and for data sets that have low substitution rates in the groups but can have difficulties when these conditions are not met. Using site entropy as a measure of variability of a sequence site, we modify the w statistic to a w' statistic by assigning as varied in one group those sites that are actually varied in both groups but have a large entropy difference. We show that the w' test has more power to detect two kinds of heterotachy processes (covarion and bivariate rate shifts) in large and variable data. We also show that a test of Pearson's correlation of the site entropies between two monophyletic groups can be used to detect heterotachy and has more power than the w' test. Furthermore, we demonstrate that there are settings where the correlation test as well as w and w' tests do not detect heterotachy signals in data simulated under a branch length mixture model. In such cases, it is sometimes possible to detect heterotachy through subselection of appropriate taxa. Finally, we discuss the abilities of the three statistical tests to detect a fourth mode of heterotachy: lineage-specific changes in proportion of variable sites.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,038 | 0,196 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,008 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,003 |
| Communication savante | 0,002 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,006 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».