Meta-analysis of gene coexpression networks in the post-mortem prefrontal cortex of patients with schizophrenia and unaffected controls
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Gene expression profiling of the postmortem human brain is part of the effort to understand the neuropathological underpinnings of schizophrenia. Existing microarray studies have identified a large number of genes as candidates, but efforts to generate an integrated view of molecular and cellular changes underlying the illness are few. Here, we have applied a novel approach to combining coexpression data across seven postmortem human brain studies of schizophrenia. RESULTS: We generated separate coexpression networks for the control and schizophrenia prefrontal cortex and found that differences in global network properties were small. We analyzed gene coexpression relationships of previously identified differentially expressed 'schizophrenia genes'. Evaluation of network properties revealed differences for the up- and down-regulated 'schizophrenia genes', with clustering coefficient displaying particularly interesting trends. We identified modules of coexpressed genes in each network and characterized them according to disease association and cell type specificity. Functional enrichment analysis of modules in each network revealed that genes with altered expression in schizophrenia associate with modules representing biological processes such as oxidative phosphorylation, myelination, synaptic transmission and immune function. Although a immune-function enriched module was found in both networks, many of the genes in the modules were different. Specifically, a decrease in clustering of immune activation genes in the schizophrenia network was coupled with the loss of various astrocyte marker genes and the schizophrenia candidate genes. CONCLUSION: Our novel network-based approach for evaluating gene coexpression provides results that converge with existing evidence from genetic and genomic studies to support an immunological link to the pathophysiology of schizophrenia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,006 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».