Distinct Sets of Adjacent Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein (hnRNP) A1/A2 Binding Sites Control 5′ Splice Site Selection in the hnRNP A1 mRNA Precursor
Notice bibliographique
Résumé
In the heterogeneous nuclear ribonucleoprotein (hnRNP) A1 pre-mRNA, different regions in the introns flanking alternative exon 7B have been implicated in the production of the A1 and A1B mRNA splice isoforms. Among these, the CE1a and CE4 elements, located downstream of common exon 7 and alternative exon 7B, respectively, are bound by hnRNP A1 to promote skipping of exon 7B in vivo and distal 5' splice site selection in vitro. Here, we report that CE1a is flanked by an additional high affinity A1 binding site (CE1d). In a manner similar to CE1a, CE1d affects 5' splice site selection in vitro. Consistent with a role for hnRNP A1 in the activity of CE1d, a mutation that abrogates A1 binding abolishes distal 5' splice site activation. Moreover, the ability of CE1d to stimulate distal 5' splice site usage is lost in an HeLa extract depleted of hnRNP A/B proteins, and the addition of recombinant A1 restores the activity of CE1d. Notably, distal 5' splice site selection mediated by A1 binding sites is not compromised in an extract prepared from mouse cells that are severely deficient in hnRNP A1 proteins. In this case, we show that hnRNP A2 compensates for the A1 deficiency. Further studies with the CE4 element reveal that it also consists of two distinct portions (CE4m and CE4p), each one capable of promoting distal 5' splice site use in an hnRNP A1-dependent manner. The presence of multiple A1/A2 binding sites downstream of common exon 7 and alternative exon 7B probably plays an important role in maximizing the activity of hnRNP A1/A2 proteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».