Genome-Wide Identification of Direct Target Genes Implicates Estrogen-Related Receptor α as a Determinant of Breast Cancer Heterogeneity
Notice bibliographique
Résumé
Estrogen-related receptor alpha (ERRalpha) is an orphan nuclear receptor, the expression of which correlates with negative prognosis in breast cancer. ERRalpha shares functional features with the estrogen receptor alpha (ERalpha) and its activity is modulated by the ERBB2 signaling pathway. Using genome-wide binding sites location analyses in ERalpha-positive and ERalpha-negative breast cancer cell lines, we show that ERRalpha and ERalpha display strict binding site specificity and maintain independent mechanisms of transcriptional activation. Nonetheless, ERRalpha and ERalpha coregulate a small subset of common target genes via binding either to a dual-specificity binding site or to distinct cognate binding sites located within the extended promoter region of the gene. Although ERRalpha signaling in breast cancer cells is mostly independent of ERalpha, the small fraction of common ERRalpha/ERalpha targets comprises genes with high relevance to breast tumor biology, including genes located within the ERBB2 amplicon and GATA3. Finally, unsupervised hierarchical clustering based on the expression profiling of ERRalpha direct target genes in human breast tumors revealed four main clusters that recapitulate established tumor subtypes. Taken together, the identification and functional characterization of the ERRalpha transcriptional network implicate ERRalpha signaling as a determinant of breast cancer heterogeneity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».