<i>Sau</i>3A in situ digestion of human chromosome 3 pericentromeric heterochromatin. I. Differential digestion of α-satellite and satellite 1 DNA sequences
Notice bibliographique
Résumé
In situ digestion with the restriction endonuclease (RE) Sau3A (Sau3A REISD) uncovers a polymorphism for the pericentromeric heterochromatin of human chromosome 3, which can be positively stained (3+) or not (3-), and has proven useful to differentiate donor and recipient cells after sex-matched bone marrow transplantation and to analyze the so-called hemopoietic chimerism. The aim of the present investigation was to obtain insight into the molecular basis of such polymorphism to optimize its use for chimerism quantification using methodological approaches other than REISD. To this end, fluorescence in situ hybridization (FISH) assays using probes for the satellite DNA sequences that mainly constitute chromosome 3 pericentromeric heterochromatin (alpha-satellite and satellite 1 DNA) were performed on control and Sau3A-digested chromosomes. The results obtained suggest that chromosome 3 alpha-satellite DNA is digested in all individuals studied, irrespective of the karyotype obtained by Sau3A REISD (3++, 3+-, 3--), and thus it does not seem to be involved in the polymorphism uncovered by Sau3A on this chromosome. Satellite 1 DNA is not digested in any case, and shows a polymorphism for its domain size, which correlates with the polymorphism uncovered by Sau3A in such a way that 3+ chromosomes show a large domain (3L) and 3- chromosomes show a small domain (3S). It seems, therefore, that the cause of the polymorphism uncovered by Sau3A on the pericentromeric region of chromosome 3 is a difference in the size of the satellite 1 DNA domain. Small satellite 1 DNA domains fall under the resolution level of REISD technique and are identified as 3-.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».