Distal Interactions in the Cyanide Complex of Ferric <i>Chlamydomonas</i> Hemoglobin
Notice bibliographique
Résumé
Chlamydomonas hemoglobin is expressed in chloroplast during active photosynthesis. Its heme pocket has an unusual structure that undergoes substantial changes when exogenous ligands bind the heme iron. In the ferrous state of the heme, oxygen binds with high affinity and is stabilized by interactions from E7-glutamine and B10-tyrosine. In the present study, we have examined cyanide binding to the ferric heme by resonance Raman spectroscopy. The frequency of the Fe−CN stretching mode in the wild-type protein was assigned at 440 cm -1, which is significantly lower than that observed in other globins. Another cyanide isotope sensitive mode located at 315 cm -1 is tentatively assigned as an Fe(III)−His stretching mode in the six-coordinate CN adduct. To determine the sensitivity of the Fe−CN stretching mode to the interactions in the distal pocket, we also studied three distal pocket mutants. The frequency of the Fe−CN stretching mode in the cyanide complex of the Lys87Ala (E10) mutant was nearly identical to that of the wild-type protein but it increased to 452 cm -1 for the Gln84Gly (E7) mutant. In the Tyr63Leu (B10) mutant, the frequency of the Fe−CN stretching mode decreased by 5 cm -1 relative to that in the wild type. On the basis of the low frequency for the Fe−CN stretching mode in the wild-type protein and its smaller than expected cyanide isotope shift (4 cm -1 compared to 11 cm -1 expected for a two-body Fe−CN oscillator) we propose a highly bent Fe−C−N structure in Chlamydomonas hemoglobin, in sharp contrast to the widely accepted linear cyanide structure in most vertebrate globins. The occurrence of a bent cyanide structure in Chlamydomonas hemoglobin is likely caused by a congested distal cavity resulting in a strong steric interaction between the E7-glutamine residue and the heme-bound cyanide.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».