A sensitive and rapid alternative to HLA typing as a genetic screening test for abacavir hypersensitivity syndrome
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Abacavir hypersensitivity reaction (ABC HSR) is a potentially life-threatening adverse reaction that affects approximately 8% of patients that initiate this antiretroviral drug. Independent groups have shown a strong predictive association between ABC HSR and HLA-B*5701, indicating that exclusion of HLA-B*5701 positive individuals from abacavir treatment would largely prevent ABC HSR. However, the limited availability and relatively high cost of human leukocyte antigen (HLA) typing represent barriers to the widespread implementation of this pharmacogenetic approach to abacavir prescribing. To facilitate routine screening, we have developed a rapid flow cytometry method for HLA-B57 phenotyping using commercially available B17 monoclonal antibodies. METHODS: Whole blood samples from 84 human immunodeficiency virus (HIV) patients were examined by standard flow cytometry methods, using a two-colour B17-specific immunofluorescence assay in the CD45 lymphocyte population. RESULTS: All eight HLA-B57 individuals examined tested positive, while HLA-B57/58 negative individuals (n=74) tested negative for this flow cytometry test. Two non-HLA-B57 individuals showed weak cross-reactivity. CONCLUSION: In our predominantly Caucasian population, B17/CD45 dual staining was sufficient to identify individuals carrying B17 cell surface antigens. This approach, utilizing flow cytometry methods that are widely available in HIV laboratories, therefore offers a sensitive, rapid and cost-effective screening assay prior to abacavir prescription. Following risk stratification with this assay, it would be anticipated that identification of HLA-B*5701 using molecular HLA typing methods would be required in <10% of the screened population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».