P3-S5.01 Microbial diversity of genital ulcer disease in men enrolled in a randomised trial of male circumcision in Kisumu, Kenya
Notice bibliographique
Résumé
Background Medical male circumcision (MMC) reduces the risk of HIV acquisition by ∼60%, in part by reducing genital ulcer disease (GUD) and HSV-2. In the Ugandan and Kenyan trials, PCR did not find a sexually transmissible agent in 50–60% of GUD specimens, and MMC did not protect against HSV-2 in the Kenyan trial. We sought to better define the aetiology of GUD in the Kenyan trial and examine how MMC affects GUD aetiology. Methods We defined GUD of unknown aetiology as negative for HSV type 1 and type 2,T pallidum, andH ducreyiby PCR, and negative for HSV-2 andT pallidumby serology. In 59 GUD specimens from 59 men, 23 (39%) had unknown aetiology. We identified bacterial microbiota in all 59 specimens using multitag pyrosequencing of the 16S rRNA gene, and compared results by unknown vs STI aetiology. Statistical analysis employed exact methods. Results Overall, 83 distinct genera were detected. Prevotella spp. was most abundant, accounting for 18% of microbiota on average, and present in 75% of specimens. Bacterial diversity was greater in GUD of unknown aetiology than STI associated GUD (median number of genera 13 [range 7–20] vs 11 [range 3–20], p=0.06).Fusobacterium spp., Sneathia spp. and Anaerococcus spp.were more abundant in GUD of unknown aetiology (7.7%, 7.6%, and 7.3%, respectively) than in GUD of STI aetiology (4.6%, 5.0%, and 5.4%). Fusobacteriales (Fusobacterium spp.orSneathia spp.) [OR=4.7; 95% CI: 1.3 to 19.9] andAnaerococcus spp.[OR=4.6; 95% CI: 1.2 to 22.5] were more likely to be recovered in GUD of unknown aetiology than STI associated GUD. Fusobacteriales were more often recovered from uncircumcised men than circumcised men (62% vs 22%, p=0.04), and Anaerococcus spp. was present in 22% of circumcised vs 70% of uncircumcised men (p=0.010). Reported penile coital injuries were more common among men withAnaerococcus spp.(85% vs 57%, p=0.01), and condom use was less common (50% vs 71%, p=0.11). There was no difference in these bacteria by ulcer location. Conclusions Fusobacteriales andAnaerococcus spp.may colonise genital ulcers that develop from a mechanism related to circumcision status. Many such “ulcers” may be epithelial disruptions that are traumatic in origin. These bacteria have cytotoxic properties that may ulcerate or exacerbate pre-existing minor epithelial disruptions. MMC may reduce GUD through a reduction in these anaerobic bacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».