A Flexible and Powerful Bayesian Hierarchical Model for ChIP–Chip Experiments
Notice bibliographique
Résumé
Chromatin-immunoprecipitation microarrays (ChIP-chip) that enable researchers to identify regions of a given genome that are bound by specific DNA-binding proteins present new challenges for statistical analysis due to the large number of probes, the high noise-to-signal ratio, and the spatial dependence between probes. We propose a method called BAC (Bayesian analysis of ChIP-chip) to detect transcription factor bound regions, which incorporate the dependence between probes while making little assumptions about the bound regions (e.g., length). BAC is robust to probe outliers with an exchangeable prior for the variances, which allows different variances for the probes but still shrink extreme empirical variances. Parameter estimation is carried out using Markov chain Monte Carlo and inference is based on the joint distribution of the parameters. Bound regions are detected using posterior probabilities computed from the joint posterior distribution of neighboring probes. We show that these posterior probabilities are well calibrated and can be used to obtain an estimate of the false discovery rate. The method is illustrated using two publicly available ChIP-chip data sets containing 18 experimentally validated regions. We compare our method to four other baseline and commonly used techniques, namely, the Wilcoxon's rank sum test, TileMap, HGMM, and MAT. We found BAC and HGMM to perform best at detecting validated regions. However, HGMM appears to be very sensitive to probe outliers compared to BAC. In addition, we present a simulation study, which shows that BAC is more powerful than the other four techniques under various simulation scenarios while being robust to model misspecification.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,009 | 0,017 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,006 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».