The Genome and Linkage Map of the Northern Pike (Esox lucius): Conserved Synteny Revealed between the Salmonid Sister Group and the Neoteleostei
Notice bibliographique
Résumé
The northern pike is the most frequently studied member of the Esociformes, the closest order to the diverse and economically important Salmoniformes. The ancestor of all salmonids purportedly experienced a whole-genome duplication (WGD) event, making salmonid species ideal for studying the early impacts of genome duplication while complicating their use in wider analyses of teleost evolution. Studies suggest that the Esociformes diverged from the salmonid lineage prior to the WGD, supporting the use of northern pike as a pre-duplication outgroup. Here we present the first genome assembly, reference transcriptome and linkage map for northern pike, and evaluate the suitability of this species to provide a representative pre-duplication genome for future studies of salmonid and teleost evolution. The northern pike genome sequence is composed of 94,267 contigs (N50 = 16,909 bp) contained in 5,688 scaffolds (N50 = 700,535 bp); the total scaffolded genome size is 878 million bases. Multiple lines of evidence suggest that over 96% of the protein-coding genome is present in the genome assembly. The reference transcriptome was constructed from 13 tissues and contains 38,696 transcripts, which are accompanied by normalized expression data in all tissues. Gene-prediction analysis produced a total of 19,601 northern pike-specific gene models. The first-generation linkage map identifies 25 linkage groups, in agreement with northern pike's diploid karyotype of 2N = 50, and facilitates the placement of 46% of assembled bases onto linkage groups. Analyses reveal a high degree of conserved synteny between northern pike and other model teleost genomes. While conservation of gene order is limited to smaller syntenic blocks, the wider conservation of genome organization implies the northern pike exhibits a suitable approximation of a non-duplicated Protacanthopterygiian genome. This dataset will facilitate future studies of esocid biology and empower ongoing examinations of the Atlantic salmon and rainbow trout genomes by facilitating their comparison with other major teleost groups.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».