Genetic Diversity and Population Structure of a Threatened African Tree Species,<i>Milicia excelsa,</i>Using Nuclear Microsatellites DNA Markers
Notice bibliographique
Résumé
To accurately estimate the genetic diversity and population structure for improved conservation planning of Milicia excelsa tree, 212 individuals from twelve population samples covering the species' range in Benin were surveyed at seven specific microsatellite DNA loci. All loci were variable, with the mean number of alleles per locus ranging from 5.86 to 7.69. Considerable genetic variability was detected for all populations at the seven loci (<mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mrow><mml:mi>A</mml:mi><mml:mi>R</mml:mi><mml:mo>=</mml:mo><mml:mn>4.60</mml:mn></mml:mrow></mml:math>;<mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mrow><mml:msub><mml:mi>H</mml:mi><mml:mi>E</mml:mi></mml:msub><mml:mo>=</mml:mo><mml:mn>0.811</mml:mn></mml:mrow></mml:math>). Moderate but statistically significant genetic differentiation was found among populations considering both<mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mrow><mml:msub><mml:mi>F</mml:mi><mml:mrow><mml:mtext>ST</mml:mtext></mml:mrow></mml:msub></mml:mrow></mml:math>(0.112) and<mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mrow><mml:msub><mml:mi>R</mml:mi><mml:mrow><mml:mtext>ST</mml:mtext></mml:mrow></mml:msub></mml:mrow></mml:math>(0.342). All of the populations showed heterozygosity deficits in test of Hardy-Weinberg Equilibrium and significantly positive<mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mrow><mml:msub><mml:mi>F</mml:mi><mml:mrow><mml:mtext>IS</mml:mtext></mml:mrow></mml:msub></mml:mrow></mml:math>values due to inbreeding occurring in the species. Pairwise<mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mrow><mml:msub><mml:mi>F</mml:mi><mml:mrow><mml:mtext>ST</mml:mtext></mml:mrow></mml:msub></mml:mrow></mml:math>values were positively and significantly correlated with geographical distances (<mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mrow><mml:mi>r</mml:mi><mml:mo>=</mml:mo><mml:mn>0.432</mml:mn></mml:mrow></mml:math>;<mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mrow><mml:mi>P</mml:mi><mml:mo>=</mml:mo><mml:mn>.007</mml:mn></mml:mrow></mml:math>, Mantel's test) indicating that populations are differentiated by “isolation by distance.” Bayesian analysis of population structure showed division of the genetic variation into four clusters revealing the existence of heterogeneity in population genetic structure. Altogether, these results indicate that genetic variation in Milicia excelsa is geographically structured. Information gained from this study also emphasized the need for in situ conservation of the relict populations and establishment of gene flow corridors through agroforestry systems for interconnecting these remnant populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».