Molecular Evolution of the Deuterolysin (M35) Family Genes in Coccidioides
Notice bibliographique
Résumé
Coccidioides is a primary fungal pathogen of humans, causing life-threatening respiratory disease known as coccidioidomycosis (Valley fever) in immunocompromised individuals. Recently, Sharpton et al (2009) found that the deuterolysin (M35) family genes were significantly expanded in both the Coccidioides genus and in U. reesii, and that Coccidioides has acquired three more M35 family genes than U. reesii. In the present work, phylogenetic analyses based on a total of 28 M35 family genes using different alignments and tree-building methods consistently revealed five clades with high nodal supports. Interestingly, likelihood ratio tests suggested significant differences in selective pressure on the ancestral lineage of three additional duplicated M35 family genes from Coccidioides species compared to the other lineages in the phylogeny, which may be associated with novel functional adaptations of M35 family genes in the Coccidioides species, e.g., recent pathogenesis acquisition. Our study adds to the expanding view of M35 family gene evolution and functions as well as establishes a theoretical foundation for future experimental investigations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».