Abstract 233: OTX2 copy number gain is a driver event in Shh-independent medulloblastomas
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Medulloblastoma is the most common malignant brain tumor in children. With the exception of the Sonic Hedgehog (Shh) and Wnt pathways, the molecular events contributing to medulloblastoma tumorigenesis are poorly understood. In this study, we performed DNA copy number analysis upon a large cohort (n=201) of primary medulloblastomas to identify recurrent copy number events of these tumors. The most commonly gained region of the medulloblastoma genome (gained in 21% of tumors) contains the single gene OTX2, which encodes a developmental transcription factor involved in regionalization of the neural tube and specification of various CNS lineages. We found that OTX2 is also commonly overexpressed (74%, n=103) in these tumors. Molecular classification of medulloblastomas identified four distinct subtypes based on gene expression signature. OTX2 overexpression and copy number gain was limited to tumors not exhibiting a signature of Shh pathway activation. We found that OTX2 is necessary for intracranial xenograft formation by medulloblastoma cells and that its expression promotes xenograft tumor formation by immortalized primary cells. Finally, we determined that OTX2 regulates the medulloblastoma oncogene MYC. As a transcription factor, targeting OTX2 function with small molecules presents a challenge. However, retinoids can reduce OTX2 expression and inhibit medulloblastoma growth in vitro, and we have demonstrated that OTX2 silencing is required for this effect. In sum, these studies identify OTX2 as a common but targetable oncogene in Shh-independent medulloblastomas. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 101st Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2010 Apr 17-21; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2010;70(8 Suppl):Abstract nr 233.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».