Association of the lymphoid tyrosine phosphatase R620W variant with rheumatoid arthritis, but not Crohn's disease, in Canadian populations
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: A single-nucleotide polymorphism in the PTPN22 gene encoding the lymphoid protein tyrosine phosphatase (Lyp) has recently been identified as a functional variant associated with susceptibility to rheumatoid arthritis (RA), type 1 diabetes, and systemic lupus erythematosus. To determine whether association of this variant (PTPN22 1858T) with RA is reproducible and is also observed in another autoimmune condition, Crohn's disease, we investigated the association between the PTPN22 1858T allele and RA and Crohn's disease in a Canadian population. METHODS: Two RA case-control cohorts representing a total of 1,234 patients and 791 healthy controls as well as a cohort of 455 patients with Crohn's disease and 190 controls were genotyped for the PTPN22 C1858T polymorphism, and genotype frequencies were compared between patients and controls. RESULTS: Significant association of the PTPN22 1858T allele with RA was detected in both the Toronto-based RA cohort (P = 1.6 x 10(-6), odds ratio [OR] 1.8) and the Halifax-based RA cohort (P = 9.4 x 10(-4), OR 1.94). Association of the risk allele with RA was not affected by sex, age at disease onset, or the presence of either rheumatoid factor or rheumatoid nodules. No association between the PTPN22 risk allele and Crohn's disease was detected. CONCLUSION: These observations confirm the association of RA susceptibility with the PTPN22 1858T allele. However, the data also reveal a lack of association between this variant and Crohn's disease, suggesting that the PTPN22 1858T allele is a risk allele for multiple, but not all, autoimmune diseases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».