Identification protocol for six<i>Armillaria</i>species from northeastern North America
Notice bibliographique
Résumé
DNA sequences (~3 kb long) extending from the intergenic spacer 1 (IGS1) region to the 18S gene were obtained for isolates of Armillaria ostoyae , Armillaria calvescens , Armillaria gallica , and Armillaria sinapina . Additional investigation of 16 A. ostoyae, 11 Armillaria gemina , 21 A. calvescens, 18 A. gallica, and 15 A. sinapina isolates produced 117 sequences spanning the 3′ end of the IGS1 through the 5S gene and into the 5′ end of the IGS2 region. Additional sequences spanning the 3′ IGS2 to 5′ 18S gene region were obtained for two A. ostoyae, three A. gemina, two A. calvescens, two A. gallica, and three A. sinapina isolates. This is the first report of complete IGS2 sequences from Armillaria spp. A species identification protocol involving species-specific primers and restriction fragment length polymorphism analysis was devised based on species-specific polymorphisms. The protocol successfully identified all 16 A. ostoyae, 11 A. gemina, three of three Armillaria mellea , 18 A. gallica, 14 of 15 A. sinapina (11/12 diploid and 3/3 haploid), and 14 of 21 A. calvescens (13/15 diploid and 1/6 haploid) isolates included in this study. To the best of our knowledge, this success rate has not been matched by other methods.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».