Differential methylation of interferon-related genes is associated with autoantibody production in systemic lupus erythematosus
Notice bibliographique
Résumé
DNA methylation, an epigenetic modification, influences gene expression and has been implicated in the pathogenesis of systemic lupus erythematosus (SLE). Two recent studies suggest that interferon-regulated genes are hypomethylated in SLE patients compared with unaffected controls. However, these studies have not examined whether DNA methylation is associated with specific disease manifestations. The goal for the current study was to determine whether differential DNA methylation is associated with autoantibody production in SLE, with a focus on the anti-dsDNA autoantibody. The methylation status of 467,314 CpG sites across the genome was characterized for 326 women with SLE. Associations between anti-dsDNA autoantibody production and methylation status was assessed using a discovery and replication study design. Multivariable regression was used to adjust for confounders including estimated leukocyte cell proportions and population substructure. In secondary analyses, we assessed differential methylation associations with anti-SSA, anti-Sm, and anti-RNP autoantibody production. Significant associations between anti-dsDNA autoantibody production and methylation status were replicated for 16 CpG sites ( P discovery < 1.07 × 10 and P replication < 0.0029) in 11 genes. The adjusted mean difference in methylation between the two autoantibody subgroups ranged from 1 to 19%, and the adjusted odds ratio for anti-dsDNA autoantibody production comparing the lowest with the highest tertile of methylation ranged from 6.8 to 18.2. Differential methylation for these sites was also associated with anti-SSA, anti-Sm, and anti-RNP autoantibody production. All associated sites were less methylated in autoantibody-positive compared with autoantibody-negative cases. Seven of the 11 associated genes either induce interferon or regulate the interferon signaling pathway. Among the differentially methylated genes associated with the production of at least one autoantibody, cytokine and interferon signaling pathways were the most represented. Hypomethylation of interferon-related and other genes is associated with autoantibody production among SLE cases. Differential methylation of these 11 genes in autoantibody-positive SLE cases may explain their recently reported associations with SLE risk, and the extent of hypomethylation may influence disease manifestations.
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».