Root contrast enhancement for measurement with optical scanner-based image analysis
Notice bibliographique
Résumé
Fine roots (diameter <0.30 mm) account for about 80% of total root length in many species but are often underestimated owing to their small size and near transparency. We have assessed a technique for rapid and accurate estimation of root length when using image analysis. To allow the collection of clear images, several stains were tested to determine when staining is beneficial. Plants of six species (barley (Hordeum vulgare L.), maize (Zea mays L.), oat (Avena sativa L.), soybean (Glycine max (L.) Merr.), strawberry (Fragaria × ananassa), and wheat (Triticum aestivum L.)) were grown for either 3 or 5 weeks after emergence. Roots of five woody species (honey locust (Gleditsia triacanthos L.), Norway maple (Acer platanoides L.), red ash (Fraxinus pennsylvanica Marsh.), silver maple (Acer saccharinum L), and hackberry (Celtis occidentalis L.)) were collected outdoors. Stains were evaluated over a range of concentrations and for three staining times. Root variables were measured with WinRHIZO, an interactive scanner-based image analysis system. Two approaches were used: (i) measuring specific amounts of roots at several stain concentrations and contrasting the results with an unstained control and (ii) measuring unstained roots, recovering the roots, staining them and measuring them again. The tristimulus coordinates (L*a*b*) of unstained root colour were measured by spectrophotometer to determine if root colour might be used as an indicator as to whether or not staining improved the image contrast. Staining improved image contrast and substantially increased measured root length estimates for species with low root contrast (maize, barley, and wheat), gave small improvements for hackberry, Norway maple, and honey locust, but had no effect on other species. Staining for 10 min was sufficient to maximally enhance the image contrast of species with a high proportion of fine roots. Tristimulus coordinates indicated that differences among species correlated with the distribution of root diameter. Establishing whether staining of root samples is required should be accomplished before any study of root systems with a high proportion of fine roots is undertaken.Key words: root measurement, staining, imaging analysis, root colour measurement, stains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».