Artifacts to avoid while taking advantage of top‐down mass spectrometry based detection of protein S‐thiolation
Notice bibliographique
Résumé
Bottom-up MS studies typically employ a reduction and alkylation step that eliminates a class of PTM, S-thiolation. Given that molecular oxygen can mediate S-thiolation from reduced thiols, which are abundant in the reducing intracellular milieu, we investigated the possibility that some S-thiolation modifications are artifacts of protein preparation. Cu/Zn-superoxide dismutase (SOD1) was chosen for this case study as it has a reactive surface cysteine residue, which is readily cysteinylated in vitro. The ability of oxygen to generate S-thiolation artifacts was tested by comparing purification of SOD1 from postmortem human cerebral cortex under aerobic and anaerobic conditions. S-thiolation was ∼50% higher in aerobically processed preparations, consistent with oxygen-dependent artifactual S-thiolation. The ability of endogenous small molecule disulfides (e.g. cystine) to participate in artifactual S-thiolation was tested by blocking reactive protein cysteine residues during anaerobic homogenization. A 50-fold reduction in S-thiolation occurred indicating that the majority of S-thiolation observed aerobically was artifact. Tissue-specific artifacts were explored by comparing brain- and blood-derived protein, with remarkably more artifacts observed in brain-derived SOD1. Given the potential for such artifacts, rules of thumb for sample preparation are provided. This study demonstrates that without taking extraordinary precaution, artifactual S-thiolation of highly reactive, surface-exposed, cysteine residues can result.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».