Genomic Organization and Evolution of the CX3CR1/CCR8 Chemokine Receptor Locus
Notice bibliographique
Résumé
The chemokine receptors CCR8 and CX3CR1 are key players in adaptive immunity and are co-receptors for human immunodeficiency virus. We describe here the genomic organization and evolutionary history of both of these genes. CX3CR1 has three promoters that transcribe three separate exons that are spliced with a fourth exon containing the coding region. CCR8 has two promoters. One promoter produces a transcript of two spliced exons, and the other promoter transcribes an exon containing the coding region and lacks introns. We analyzed these promoters in the context of a luciferase reporter and identified several positive and negative regulatory elements. Identification of the genomic organization of these genes in mouse demonstrates a similar organization for CCR8, but mouse CX3CR1 lacks two of the human promoters and has an additional mouse-specific promoter that transcribes only the exon containing the coding region and therefore resembles the organization of the human and mouse CCR8 genes. We also identify two nontranscribed regions that are highly conserved between human and mouse CX3CR1 containing possible regulatory elements. Examination of the CX3CR1 and CCR8 genes and surrounding genomic regions indicates that these genes are the result of the duplication of an ancestral gene prior to the divergence of teleost fish. We characterize single nucleotide polymorphisms in the promoters of human CCR8 and CX3CR1 and establish linkage relationships between CX3CR1 promoter polymorphisms and two previously described CX3CR1 coding polymorphisms associated with human immunodeficiency virus disease progression and arteriosclerosis susceptibility.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».