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Enregistrement W2011767139 · doi:10.1021/jp206054b

Spectroscopic Study of the CP43′ Complex and the PSI–CP43′ Supercomplex of the Cyanobacterium <i>Synechocystis</i> PCC 6803

2011· article· en· W2011767139 sur OpenAlexaff
Ximao Feng, Bhanu Bhakta Neupane, Khem Acharya, Valter Zazubovich, Rafael Picorel, Michael Seibert, Ryszard Jankowiak

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Physical Chemistry B · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePhotosynthetic Processes and Mechanisms
Établissements canadiensConcordia University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSynechocystisPhotosynthetic reaction centrePhotosystem IIBiophysicsFluorescenceBiologyPhotosynthesisCyanobacteriaBotanyPhysicsOptics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The PSI-CP43' supercomplex of the cyanobacterium Synechocystis PCC 6803, grown under iron-starvation conditions, consists of a trimeric core Photosystem I (PSI) complex and an outer ring of 18 CP43' light-harvesting complexes. We have investigated the electronic structure and excitation energy transfer (EET) pathways within the CP43' (also known as the isiA gene product) ring using low-temperature absorption, fluorescence, fluorescence excitation, and hole-burning (HB) spectroscopies. Analysis of the absorption spectra of PSI, CP43', and PSI-CP43' complexes suggests that there are 13 chlorophylls (Chls) per CP43' monomer, i.e., a number that was observed in the CP43 complex of Photosystem II (PSII) (Umena, Y. et al. Nature 2011, 473, 55-60). This is in contrast with the recent modeling studies of Zhang et al. (Biochim. Biophys. Acta 2010, 1797, 457-465), which suggested that IsiA likely contains 15 Chls. Modeling studies of various optical spectra of the CP43' ring using the uncorrelated EET model (Zazubovich, V.; Jankowiak, R. J. Lumin. 2007, 127, 245-250) suggest that CP43' monomers (in analogy to the CP43 complexes of the PSII core) also possess two quasi-degenerate low-energy states, A' and B'. The site distribution functions of states A' and B' maxima/full width at half-maximum (fwhm) are at 684 nm/180 cm(-1) and 683 nm/80 cm(-1), respectively. Our analysis shows that pigments mostly contributing to the lowest-energy A' and B' states must be located on the side of the CP43' complex facing the PSI core, a finding that contradicts the model of Zhang et al. but is in agreement with the model suggested by Nield et al. (Biochemistry2003, 42, 3180-3188). We demonstrate that the A'-A' and B'-B' EET between different monomers is possible, though with a slower rate than intramonomer A'-B' and/or B'-A' energy transfer.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,225
Écart entre enseignants0,210 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations32
Publié2011
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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