Abstract 5068: Proteomics based prognostic signature of head and neck cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Introduction. Molecular cancer diagnostics is rapidly moving beyond genomics to proteomics. Clinical cancer proteomics has the potential to discover, identify, and quantify novel biomarkers for early detection, diagnosis, prediction of the clinical outcome, and to develop effective therapeutic interventions by using these biomarkers as molecular targets. Despite therapeutic interventions, the five-year survival rate of head and neck cancer patients is less than 50%, and the prognosis of advanced HNSCC cases has not improved much over the past three decades. Methods. Using high-throughput proteomics, we identified a panel of biomarkers in head and neck cancer. This panel of markers was verified in a large independent cohort of paraffin embedded head and neck cancer tissues (n=100) using immunohistochemistry (IHC). Kaplan Meier analysis and multivariate logistic regression analysis was carried out to predict the prognosis of these head and neck cancer patients. Positive and negative predictive values (PPV and NPV respectively) were calculated as function of follow-up period. Results. Our immunohistochemical analysis demonstrated overexpression of a panel of proteins including 14-3-3zeta, 14-3-3sigma, heterogeneous nuclear ribonuclear protein K (HNRNPK), S100A7 and prothymosin alpha (PTMA) in head and neck cancer patients. Kaplan Meier analysis revealed shorter disease-free survival (DFS = 4 mths.) in head and neck cancer patients showing overexpression of the panel of proteins in comparison to patient cohort not showing overexpression of this panel (DFS = 41 mths., p < 0.001). Positive predictive value (PPV) and Negative predictive value (NPV) further verified the reduced disease free survival of these patients. Logistic regression analysis clearly demonstrated the relevance of this panel as the best prognostic signature for head and neck cancer patients (p < 0.001, Hazards ratio, H.R.=19.6, 95% C.I. = 2.3 – 8.5) in comparison to combinations of 2 – 4 markers and clincopathological parameters. Conclusions. In conclusion we identified, verified and developed a proteomics-based prognostic signature for head and neck cancer patients which may find its utility in follow-up clinics to accurately predict the recurrence of the disease after primary treatment. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 102nd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2011 Apr 2-6; Orlando, FL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2011;71(8 Suppl):Abstract nr 5068. doi:10.1158/1538-7445.AM2011-5068
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».