Proteomic analysis of the CO<sub>2</sub>-concentrating mechanism in the open-ocean cyanobacterium <i>Synechococcus</i> WH8102
Notice bibliographique
Résumé
The open-ocean cyanobacterium Synechococcus WH8102 has recently been sequenced, making high-throughput mass spectrometry(MS)-based proteomics studies possible. Here, we used 1D and 2D gel electrophoresis, matrix-assisted laser desorptionionization time-of-flight (MALDI-TOF) MS, and two-hybrid analysis to study the composition and protein interactions within the carboxysome, a protein-rich polyhedral body involved in the CO2-concentrating mechanism. We identified the Rubisco large and small subunits and CsoS1 and CsoS2 in the carboxysome-rich particulate fraction and thus conclude the proteins were solely associated with the carboxysome. We also determined that the carboxysome fraction contained numerous membrane-associated proteins, consistent with the presence of membrane contamination. Two-hybrid analysis indicated that CsoS2 and OrfA strongly interacted. They formed dimers and interacted with each other. To our knowledge, this is the first indication of OrfA being biochemically linked to the carboxysome. The ε-class carbonic anhydrase CsoS3 did not interact with other carboxysome components in a binary manner. CsoS3 may not interact, or it may only bind, in fully formed multiprotein complexes. Finally, growth rates and protein expression were unchanged between 100 and 750 µL·L1 CO2.Key words: proteomics, CO2-concentrating mechanism, carboxysome, cyanobacteria, Synechococcus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».