Digital gene expression tag profiling of bat digits provides robust candidates contributing to wing formation
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: As the only truly flying mammals, bats use their unique wing - consisting of four elongated digits (digits II-V) connected by membranes - to power their flight. In addition to the elongated digits II-V, the forelimb contains one shorter digit (digit I) that is morphologically similar to the hindlimb digits. Here, we capitalized on the morphological variation among the bat forelimb digits to investigate the molecular mechanisms underlying digit elongation and wing formation. Using next generation sequencing technology, we performed digital gene expression tag profiling (DGE-tag profiling) of developing digits in a pooled sample of two Myotis ricketti and validated our sequencing results using real-time quantitative PCR (RT-qPCR) of gene expression in the developing digits of two Hipposideros armiger. RESULTS: Among hundreds of genes exhibiting significant differences in expression between the short and long digits, we highlight 14 genes most related to digit elongation. These genes include two Tbx genes (Tbx3 and Tbx15), five BMP pathway genes (Bmp3, RGMB, Smad1, Smad4 and Nog), four Homeobox genes (Hoxd8, Hoxd9, Hoxa1 and Satb1), and three other genes (Twist1, Tmeff2 and Enpp2) related to digit malformations or cell proliferation. In addition, our results suggest that Tbx4 and Pitx2 contribute to the morphological similarity and five genes (Acta1, Tnnc2, Atp2a1, Hrc and Myoz1) contribute to the functional similarity between the thumb and hindlimb digits. CONCLUSIONS: Results of this study not only implicate many developmental genes as robust candidates underlying digit elongation and wing formation in bats, but also provide a better understanding of the genes involved in autopodial development in general.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».