Evaluation of three procedures for recovery of GUS enzyme and colony forming units of a nonpathogenic strain of<i>Fusarium oxysporum</i>, 70T01, from inoculated tomato roots
Notice bibliographique
Résumé
Insertion of β-D-glucuronidase (GUS) reporter gene has been found to be useful for detection, quantitation, and monitoring of plant-associated fungi in their environment. GUS was extracted from tomato roots inoculated with a nonpathogenic strain of Fusarium oxysporum, 70T01, that had been genetically modified to express both GUS activity and hygromycin B resistance. To facilitate studies of fungus-plant interactions using the GUS enzyme, we tested several methods for their efficiency of preparation of fungal-encoded GUS from infected plant tissues, namely FastPrep homogenization, grinding of tissues frozen in liquid nitrogen, and extraction from lyophilized material. Of the three procedures, the FastPrep method yielded the highest GUS activity per unit of inoculated root and provided twice the sensitivity of the other methods. This procedure was also the easiest, quickest, and the most reliable. Up to 12 samples could be analyzed in less than 2 h, and as little as 50 mg of fresh tissue was sufficient. Of the factors examined that could affect extraction efficiency, only the length of homogenization and the presence of protein stabilizers (sucrose, bovine serum albumin, and protease inhibitors) in the GUS buffer improved enzyme activity in the extracts. The FastPrep method was also highly effective in enumerating fungal colony forming unit (CFU) populations in the root tissues, provided that the timing and speed of homogenization was controlled. Plating of infected root samples homogenized using the FastPrep equipment and a mortar and pestle yielded about 50 times more CFUs per unit root than the colony counts obtained from whole roots, dried and powdered roots, or lyophilized roots.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».